三山是指阿尔泰山，昆仑山，天山山脉，两盆是指塔里木盆地和准噶尔盆地。新疆被自北向南依次排列的阿尔泰山、天山、昆仑山分为南北两半，习惯上称天山以南为南疆，天山以北为北疆。