六角恐龙主要以水藻、蠕虫、无壳昆虫、小鱼、小虾、蚯蚓、幼蛙等为食，如果是人工饲养，可以喂食一些鸡肉、淡水鱼肉、淡水虾肉或者其它无硬壳硬刺的食物，也可喂食急冻或新鲜的血虫。