合作医疗查询的方式如下：

1、通过账户记录进行查询：参保人每年缴费时，县农保中心为参保人个人账户记录一笔个人缴费，同时为参保人记录*给予的财政补贴。当村集体或其他组织为参保人提供补助或者资助时，由县农保中心为参保人记录补助或资助金额，每年底为参保人记录个人账户储蓄利息一次；

2、账户查询：参保人可到乡镇劳动*事务所打印新农保个人账户明细表或登陆社会*网站查询和下载本人的个人账户记账明细等相关信息，也可通过电话查询系统查询相关的信息。