1、从一般纳税人购进农产品，按照取得的增值税专用发票上注明的增值税额，从销项税额中抵扣；
2、进口农产品，按照取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额，从销项税额中抵扣；
3、从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额；
4、取得农产品销售发票的，以农产品销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额；
5、开具农产品收购发票的，以农产品收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额;
6、农产品进项税额核定扣除，按照《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》(财税〔2012〕38号)等文件规定，纳税人购进农产品，不再凭扣税凭证直接抵扣增值税进项税额，而是根据购进农产品所生产的商品或服务的销售情况，按照*扣除标准，核定出当期农产品可抵扣的进项税额；
7、加计扣除。营业税改征增值税试点期间，纳税人购进用于生产销售或委托受托加工9%税率货物的农产品维持原扣除力度不变。