游离核糖体与附着核糖体的区别是：游离型核糖体合成的是胞内蛋白，即合成后在此细胞内部发挥作用的蛋白质，如染色体上的蛋白质、细胞膜上的蛋白质、线粒体和叶绿体及细胞质基质中的酶。
附着在内质网上的核糖体合成的是分泌蛋白，即合成后要分泌到细胞外的蛋白质，如一些消化酶、*等。
真核细胞中，核糖体进行蛋白质合成时，既可以游离在细胞质中，称为游离核糖体(freeribosome)。也可以附着在内质网的表面，称为膜旁核糖体或附着核糖体。参与构成RER，称为固着核糖体或膜旁核糖体，是以大亚基圆锥形部与膜接着游离核糖体(freeribosome)。分布在线粒体中的核糖体，比一般核糖体小，约为55S(35S和25S大、小亚基),称为胞器或线粒体核体.。