九寨沟自然保护区地势南高北低,山谷深切,高差悬殊,北缘九寨沟口海拔仅2000米,中部峰岭海拔均在4000米以上,南缘海拔达4500米以上,主沟长30多公里。九寨沟峰顶和两侧山峰基本终年积雪。